Am 21. Februar 1552 wurde der Grundstein gelegt und mit dem Bau des Klosters und der Kirche von S. Angelo begonnen. Im Auftrag des Gouverneurs Ferrante Gonzaga ersetzte die Kirche die gleichnamige Kirche, die abgerissen wurde, da sie sich auf der für die neue Stadtmauer geplanten Route befand. Domenico Giunti, Schöpfer des Projekts, entwarf eine Kirche in Form eines lateinischen Kreuzes, bestehend aus einem einzigen Kirchenschiff unter einer Gewölbedecke mit geometrischen Motiven. Im Laufe der Jahrhunderte wurden die zahlreichen Kapellen an den Seitenwänden durch zahlreiche Kunstwerke bereichert, die nach der Unterdrückung verloren gingen. Auch das Kloster, das ursprünglich drei Kreuzgänge hatte, die jeweils mit bedeutenden Malzyklen geschmückt waren, wurde nach der Unterdrückung zerstört: Tatsächlich wurde ein Kloster als Privathaus genutzt und zwei andere wurden aufgrund ihres Ruinzustandes abgerissen. Das heutige Kloster wurde im letzten Jahrhundert vom Architekten Giovanni Muzio erbaut.
Während der beiden Unterdrückungen in den 1800er Jahren wurde das Kloster von Sant'Angelo geräumt und der Staat ordnete die Räume dem Militärtribunal zu. Somit wurde die große Kirche zu einem Pferdestall. Der Komplex wurde 1922 eingelöst. In der grünen Piazza vor der Kirche steht der Brunnen von S. Francesco, der mit den Vögeln spricht. Das Denkmal ist mit den Versen des Gesangs aller Geschöpfe geschmückt.