Construite au IXe siècle par des moines Barnabites sur les ruines du prétoire, où l’on raconte que le martyr Saint Alexandre était prisonnier, l’église a un plan centralisé avec une coupole servant de presbytère. Le bâtiment est largement considéré comme l'œuvre d'Alessi, qui venait de rentrer de Gênes à l'époque et était actif à Milan. La façade est décorée de bas-reliefs et flanquée de deux clochers. La vieille place où se trouve l'église est l'un des très rares espaces de Milan qui n'a pas été altéré par la reconstruction d'après-guerre. L'intérieur baroque est décoré d'une série de précieux tableaux de la tradition lombarde des XVIIe et XVIIIe siècles: l'Assomption de Camillo Procaccini dans la dernière chapelle de la nef droite, la crèche de la Nativité, considérée comme l'une des meilleures œuvres de l'artiste la chapelle au bout de la nef droite et la Crucifixion dans la première chapelle à gauche. La Flagellation de Daniele Crespi et la peinture de Hosanna dans la première chapelle à droite font également partie des œuvres remarquables. Les familles milanaises ont contribué à la construction de l'église en obtenant le patronage des nombreuses chapelles par le biais de leurs grands legs.
Les vestiges de Saint Alexandre sont conservés dans la chapelle dédiée à Saint Pancras.
Selon une hypothèse exposée sur la tour, le prétoire s'appelait «di Zebedia» d'après un juge suprême.
Les décorations en bois et les voûtes décorées de fresques sont typiques du style Barnabite.
L'Église est riche d'œuvres picturales des années 1600 et de fresques réalisées par Federico Bianchi, Filippo Abbiati et bien d'autres. L'autel principal (1741) est l'oeuvre de G. B. Riccardi.