Le 21 février 1552, la pierre angulaire est posée et la construction du couvent et de l'église de S. Angelo est commencée. Commandée par le gouverneur Ferrante Gonzaga, l’église a remplacé l’église éponyme démolie car elle se trouvait sur l’itinéraire prévu pour les nouveaux murs de la ville. Domenico Giunti, créateur du projet, a conçu une église en forme de croix latine composée d'une nef unique sous un plafond voûté orné de motifs géométriques. Au fil des siècles, les nombreuses chapelles sur les côtés de l’allée se sont enrichies de nombreuses œuvres d’art qui ont ensuite été perdues après la suppression. Le couvent, qui comptait à l'origine trois cloîtres, chacun orné d'importants cycles de peintures, a été détruit après la suppression: en fait, un cloître était utilisé comme maison privée et deux autres ont été démolis en raison de leur état de ruine. Le monastère actuel a été construit au siècle dernier par l'architecte Giovanni Muzio.
Au cours de la période des deux suppressions des années 1800, le couvent de Sant'Angelo est dégagé et l'État attribue les salles au tribunal militaire. La grande église devient ainsi une écurie pour chevaux. Le complexe a ensuite été racheté en 1922.
Sur la place verdoyante en face de l'église se dresse la fontaine de Saint-François qui parle aux oiseaux. Le monument est décoré avec les versets du cantique de toutes les créatures.