Per più di un particolare, non si può non rimanere colpiti da questa chiesa situata in via Brolo tra il Verziere, l'antico mercato ortofrutticolo e piazza Santo Stefano.
Le prime origini della chiesa-santuario risalgono al XIII secolo così come l'adiacente ossario sorto per dare sepoltura a coloro che morivano nel vicino ospedale del “Brolo”. Gravemente danneggiati entrambi nel 1642 dal crollo del campanile adiacente alla chiesa di Santo Stefano, l'ossario venne riparato nel miglior modo possibile e la chiesa-santuario fu rielaborata da Andrea Biffi nel 1679. L'attuale atrio è opera di Carlo Giuseppe Merlo, uno degli architetti della Veneranda Fabbrica del Duomo. I lavori furono iniziati nel 1712 e terminati nel 1750.
All'esterno l'edificio non è particolarmente appariscente ma è interessante dal punto di vista architettonico. Mentre a destare una certa curiosità è la cappella-ossario. Si tratta di un piccolo ambiente a pianta quadrata, impreziosito dal piccolo altare e contornato da una serie di ex voto e reliquie, sopra i quali si trova una volta riccamente affrescata con angeli e nuvole sullo sfondo di un cielo azzurro.
Lungo le pareti sono conservate ossa umane appartenute probabilmente ai morti dell'ex ospedale di San Barnaba in Brolo, vittime della peste oppure traslate da cimiteri seicenteschi soppressi. I teschi chiusi nelle cassette sopra la parte esterna sono quelli di condannati a morteSan Bernardino alle Ossa è chiamata la chiesa “più piemontese di Milano”, per il suo stile barocco-rococò.
All’interno, tra le tele del Cinquecento, vi è raffigurato San Lucio, protettore dei “formaggiai” (artigiani caseari), che avevano la sede della loro Confraternita in questa chiesa.
Secondo una leggenda, il 2 di novembre, il giorno dei Morti, si dice che le ossa di una bambina a sinistra dell'altare tornino a vivere, trascinandosi dietro tutti gli altri scheletri in una specie di danza macabra.