Situata nel quartiere di Brera, uno dei contesti urbanistici più belli di Milano, la Chiesa di San Marco una volta si rispecchiava sulle acque dei Navigli. Questa chiesa rappresentò per tutto il tardo medioevo fino all'età moderna la culla degli agostiniani in Milano: la loro presenza fu attiva e permise, fra l'altro, all’edificio di arricchirsi di numerose opere d'arte.
Secondo la tradizione la chiesa è stata dedicata a San Marco per riconoscenza dell'aiuto prestato da Venezia a Milano nella lotta contro il Barbarossa ma le prime notizie certe risalgono al 1254 quando Lanfranco Settala, Priore Generale dell'Ordine degli Eremiti di Sant'Agostino, fece costruire una chiesa a tre navate inglobando le costruzioni precedenti. La struttura non subì varianti rilevanti sino al XVII secolo quando l’edificio, divenuto casa generalizia dell'ordine agostiniano, subì successive trasformazioni.
Nella Basilica di San Marco sono numerose le testimonianze artistiche che si ispirano direttamente alla figura di Sant’Agostino. Sulla parete del transetto di destra è visibile un affresco dei fratelli Giovan Battista e Mauro della Rovere detti Fiammenghini. L'opera rappresenta papa Alessandro IV che nel 1256 consegna alla Congregazione di Sant'Agostino la Bolla dell'Unione. Nella parte inferiore dello stesso transetto lavori di restauro nel 1956 misero in luce particolari di affreschi trecenteschi attribuiti a Giovannino de' Grassi, pittore lombardo. Interessante è il crocifisso contornato da vari angeli e santi fra Agostino in vesti pontificali. La data presunta dell’opera è fra il 1365 e il 1370.
Nel presbiterio ci sono due tele: a destra la disputa di Ambrogio ed Agostino di Camillo Procaccini (1555-1629) mentre a sinistra il Battesimo di Agostino di Giovan Battista Crespi detto il Cerano, datata 1618.
Del glorioso passato la basilica conserva il campanile e l'imponente portale in pietra, su cui poggiano le tre statue che raffigurano San Marco, Sant'Ambrogio e Sant'Agostino attribuite a Giovanni di Balduccio da Pisa (1320).
Nella Cappella Foppa, la prima a destra, sono conservati affreschi del ‘500, realizzati da Paolo Lomazzo con le storie di San Pietro e San Paolo.
Come ricordato da una targa, la Chiesa ha ospitato molti nomi importanti: infatti alla fine del '700 era méta del giovane Mozart che dimorò nella Canonica per tre mesi e, nel 1874, fu celebrata la “Messa da Requiem” dedicata ad Alessandro Manzoni e diretta da Giuseppe Verdi.
Ad oggi, grazie alla sua straordinaria acustica e a un pregevole organo (mirabilmente restaurato dal grande Costanzo Antegnati), si tengono concerti a cura delle principali istituzioni musicali milanesi.
Recentemente è stata ritrovata una botola da alcuni speleologi che, attraverso un cunicolo, dà accesso allo spazio sotto l'altare. Un mistero tutto da risolvere: il passaggio sotterraneo è purtroppo franato e si sta ancora cercando di scoprirne la destinazione.

Nel 1700, nella chiesa di San Marco, fu per lungo tempo organista il grande G.B. Sammartini, detto “il padre della sinfonia” nonchè "il milanese"(1698-1775).

Partito dalla natìa Tagaste, nell’attuale Algeria, Agostino ebbe proprio a Milano alcuni degli incontri decisivi della vita. Determinante fu l’amicizia con Sant’Ambrogio, uomo forte e carismatico, che propiziò un cambiamento radicale nelle sue scelte. A Milano ebbe l’opportunità di ascoltare i sermoni che Ambrogio teneva regolarmente in cattedrale e attraverso le sue parole trovò la via della conversione. Agostino è il Padre della Chiesa che ha lasciato il maggior numero di opere. Alcuni degli scritti agostiniani sono d’importanza capitale non solo per la storia del cristianesimo ma per la formazione di tutta la cultura occidentale.
Come diversi Padri della Chiesa dei primi secoli, ma in misura incomparabilmente più vasta, anche Agostino ha infatti esercitato un influsso esteso e persistente, come appare dall’abbondante tradizione manoscritta delle sue opere.