Esempio d’arte lombarda, la chiesa di San Pietro in Gessate è sorta per impulso di fede e devozione.
La struttura fu innalzata con l’ingresso dell’ordine monastico dei Benedettini, intorno alla metà del XV secolo, (tra il 1447 e il 1475) sulle fondamenta dell’antica chiesa di San Pietro e Paolo.
La sua realizzazione fu affidata all’architetto Guiniforte Solari come anche per le chiese di Santa Maria della Pace e Santa Maria delle Grazie.
Dopo i bombardamenti del 1943, che causarono la distruzione di parte dell’edificio originario, i restauri riportarono alla luce gli affreschi e le decorazioni che oggi contraddistinguono l’edificio. Infatti non è da dimenticare che San Pietro in Gessate è stata la sede prescelta per la propria sepoltura da parte di molti personaggi illustri. All’interno della Chiesa, gli uomini della corte sforzesca fecero erigere appositamente delle cappelle laterali, a destra e sinistra, affrescate sulle volte con storie della Vergine e dei santi e ricche di decorazioni.
La struttura attuale presenta un corpo centrale affiancato da due navate laterali, è caratterizzata da una facciata in stile gotico-lombardo, risalente al ‘400 del secolo scorso e restaurata nel 1912, un portale settecentesco e un campanile barocco.Alcune fonti ritengono che la Chiesa originaria, edificata nel 1200 dall’Ordine degli Umiliati era intitolata ai Santi Pietro e Paolo in “Glaxiate” o Glassiate, nome che derivava da un’antica famiglia milanese fondatrice del convento.
Nel 1772 Maria Teresa d’Austria destinò il monastero (oggi scomparso) ai "Martinitt", gli orfani della città. I bambini rimasero nello storico edificio, ristrutturato e nuovamente riadattato lungo l’800, sino ai primi decenni del XX secolo quando, nel 1934, fu edificato un nuovo stabile alla periferia est di Milano.Da non perdere le cappelle laterali interamente affrescate nelle volte, in particolare la cappella maggiore con decorazioni in stile barocco e la cappella dei Grifi situata nel transetto di sinistra e affrescata sulla volta e nelle lunette con  le spettacolari Storie di Sant'Ambrogio da Bernardino Butinone e Bernardo Zenale, dopo che il committente aveva invano contattato il bresciano Vincenzo Foppa.Nella stessa cappella si può ammirare l'impressionante realismo della statua tombale con la rappresentazione scultorea del cadavere di Ambrogio Grifi, committente degli affreschi. La tomba è opera di Benedetto Briosco, seguace dell'Amadeo; inoltre anche un affresco del Bergognone, purtroppo in cattive condizioni.Nella quarta cappella si possono ammirare anche gli affreschi di Antonio Campi.