I lavori di costruzione di Palazzo Marino, commissionati dal commerciante genovese Tommaso Marino, iniziano il 4 maggio 1558. A eseguirli è l’architetto Galeazzo Alessi con alcuni dei massimi scultori della Fabbrica del Duomo.
Nel cortile d’onore è possibile osservare un programma decorativo imperniato sull’esaltazione dell’eroe e la forza dell’amore. Il primo tema è declinato attraverso le imprese di Ercole, il secondo con immagini tratte da “Le Metamorfosi” di Ovidio.
Dal 1861 Palazzo Marino è sede della civica amministrazione. Sala Alessi è l’attuale salone di rappresentanza, dove sono accolti gli ospiti internazionali della Città.
Nella Sala dell’Orologio, è presente una volta originale, mentre l’antico orologio che dà il nome alla sala si trova sopra la porta d’ingresso.
Nella Sala del Consiglio, c’è, alle spalle degli scranni di Sindaco e Presidente del Consiglio, un dipinto del ‘500 di Ambrogio Figino. L’opera ritrae l’intervento a cavallo di Sant'Ambrogio, arrivato miracolosamente in aiuto dei Visconti, durante la battaglia di Parabiago. Dal soffitto pendono quattro grandi lampadari in bronzo fuso. Ai fianchi dello stemma del Comune, risalente al XII secolo, ci sono i simboli stilizzati in marmo delle sei antiche porte della città.
Nel 1873 i cittadini rendono omaggio alla salma di Alessandro Manzoni nella Sala Alessi.
Nel 1947 la facciata di Palazzo Marino è coperta da grandi cartelloni pubblicitari che nascondono le rovine causate dal bombardamento del ’43.
La Sala Verde, che prende il nome dal colore del damasco che ne ricopre le pareti, è conosciuta anche come Sala Matrimoni, poiché il 4 luglio 1953 vi si celebra il primo matrimonio civile di Milano. Dal 2004 la sala è dedicata a Giovanni Marra, Presidente del Consiglio Comunale scomparso prematuramente.
Sulle pareti della Sala del Consiglio spiccano brani tratti dal Libro III del “De Legibus” di Cicerone, che ricordano a tutti i doveri di coloro i quali hanno la responsabilità della cosa pubblica.
Gli affreschi della Sala Alessi, i cui originali risalgono al 1568, rappresentano figure mitologiche quali: le Muse, Bacco, Apollo e Mercurio. Senza dimenticare i bassorilievi con le imprese di Perseo, Pegaso e Bellerofonte. I due grandi portali ospitano nel timpano curvo due busti di Marte e Minerva.
Qui c’è il gonfalone ufficiale del Comune di Milano, raffigurante il patrono della città, Sant’Ambrogio. Ai suoi piedi la scrofa semilanuta, ai lati i simboli delle porte medievali di Milano.