Nel 1877 il Comune decise di far passare la nuova via Carlo Alberto, oggi via Mazzini, nell'area occupata dalla basilica di san Giovanni in Conca. Nel 1879 la Comunità Valdese, autorizzata da una delibera del Consiglio Comunale, edificava un nuovo tempio sui resti della chiesa. L'architetto Angelo Colla ne modificò la facciata in stile neogotico e la applicò obliquamente al corpo della chiesa, drasticamente accorciata. Il nuovo tempio fu inaugurato l'8 magio 1881, mentre il campanile fu demolito nel 1885.
Nel secondo dopoguerra "esigenze imprescindibili di viabilità" condannarono definitivamente l'edificio, che fu demolito tras il 1948 e il 1952, per realizzare l'asse viario di via Albricci-piazza Missori. Dell'antica basilica furono salvati e restaurati solo una parte dell'abside e della cripta, mentre elementi della facciata furono applicati a quella del nuovo tempio valdese in via Francesco Sforza. A testimonianza di ciò, la corta via sul fianco destro del tempio prese successivamente il nome di via San Giovanni in Conca.
L'interno del tempio è a navata unica con grandi finestre lungo il fianco destro (che da su via San Giovanni in Conca) ed un organo moderno nella cantoria. L'abside, poco profondo, ospita la croce e il pulpito ligneo.