Романская церковь Сан-Бабила, построенная примерно в XI веке, изначально имела три нефа и три апсиды. Самый большой центральный неф был разделен на три отсека, во втором из которых был восьмиугольный купол фонаря. Это было лишено боковых часовен и ризницы.
Первые модификации были в эпоху Висконти, с освящением двух алтарей и строительством ритуалов.
После визита архиепископа Висконти в 1591 году было решено провести более радикальные работы, учитывая плохое состояние церкви. Фактически, восстановление в период барокко привело к сносу романского фасада, чтобы добавить бухту к церкви, плюс к сносу апсид.
Однако реконструкция не была окончательной. В начале XX века реновация в стиле барокко была безжалостно разрушена, чтобы освободить место для неороманских перемен. Со временем интерьер приобрел окна Бертини, живописные украшения Погляги и Кавенаги и главный алтарь Моретти.
Другие работы проводились в разное время: баптистерий, вдохновленный палеохристианом, и новая часовня Аддолораты, заменившая разрушенную бомбардировками во время Второй мировой войны. История основания церкви Сан-Бабила была предметом многочисленных дискуссий, но сейчас кажется, что существует общее мнение. Согласно легенде, Сан-Бабила была первой церковью, построенной в Милане в 46 году нашей эры на месте языческого храма, посвященного Солнцу. В той же легенде говорится, что он был установлен С. Барнабой, который отпраздновал там свою первую мессу после въезда в город. Фактически, самые древние данные, свидетельствующие о существовании церкви, посвященной Сан-Бабиле, датируются XII веком и подтверждают, что она была построена недавно священником Назарио Муриколой. Последующие раскопки для его восстановления подтверждают эту последнюю версию.