Romański kościół San Babila, zbudowany około XI wieku, pierwotnie miał trzy nawy i trzy absydy. Największa nawa środkowa została podzielona na trzy przęsła, w drugiej z nich była ośmioboczna kopuła latarni. Był pozbawiony bocznych kaplic i zakrystii.
Pierwsze modyfikacje nastąpiły w erze Visconti, z konsekracją dwóch ołtarzy i budową zakrystii.
Po wizycie arcybiskupa Viscontiego w 1591 r. postanowiono przeprowadzić bardziej radykalne prace, biorąc pod uwagę zły stan kościoła. W rzeczywistości odbudowa w okresie baroku doprowadziła do wyburzenia romańskiej fasady, aby dodać zatokę do kościoła, a także rozbiórkę absyd.
Jednak rekonstrukcja nie była ostateczna. Na początku XX wieku barokowe remonty zostały bezlitośnie zburzone, aby zrobić miejsce dla neoromańskich zmian. Z czasem wnętrze zyskało okna Bertiniego, obrazkowe dekoracje Pogliaghi i Cavenaghi oraz główny ołtarz Morettiego.
Inne prace zostały wykonane w różnym czasie: chrzcielnica inspirowana paleochrystianami i nowa kaplica Addolorata zastępująca zniszczoną przez bombardowanie podczas drugiej wojny światowej. Historia powstania kościoła San Babila była przedmiotem licznych debat, ale teraz wydaje się, że istnieje zgoda opinii. Według legendy San Babila był pierwszym kościołem zbudowanym w Mediolanie w 46 rne na miejscu pogańskiej świątyni poświęconej Słońcu. Ta sama legenda głosi, że została wzniesiona przez S. Barnabę, który odprawił swą pierwszą mszę po wejściu do miasta.
W rzeczywistości najstarsze dane świadczące o istnieniu kościoła poświęconego San Babila pochodzą z XII wieku i potwierdzają, że został on niedawno zbudowany przez kapłana Nazario Muricola. Kolejne prace wykopaliskowe w celu odtworzenia potwierdzają najnowszą wersję.