Kościół Santa Maria Incoronata ma specjalną cechę, która natychmiast uderza zwiedzającego: składa się z dwóch budynków, pierwotnie oddzielonych, połączonych w 1484 r. Pierwszy, odpowiadający obecnej prawej nawie, został zbudowany na życzenie Francesco Sforzy zainicjowanego w 1451 roku, podczas gdy drugi, który różni się tylko nieznacznie, został zbudowany kilka lat później.
Wnętrze było kiedyś ozdobione freskami i cyklami obrazów, ale teraz jest głównie pomalowane na biało.
Wewnątrz kościoła, który ma sklepione sufity wsparte na filarach, po prawej stronie znajdują się trzy kaplice w kształcie wielokąta.
Ukończony około 1484 r. (według niektórych historyków data może być 1487) nazwa architekta jest nieznana, chociaż niektórzy eksperci odnoszą się do Pietro Antonio Solari, który prawdopodobnie był autorem nawy południowej.
Najstarszy kościół, po lewej stronie patrząc z cmentarza, był rządzony przez ojców Ermitani z San Marco i nazwany Santa Maria di Garegnano.
Na początku XV wieku, obok świętego miejsca, zbudowano klasztor dla braci augustianów, którzy odrestaurowali stary kościół w stylu późnogotyckim. Ponieważ dzieło zostało ukończone właśnie w czasie koronacji Francesco Sforzy jako księcia Mediolanu (1451), zostało nazwane Santa Maria Incoronata i poświęcone nowemu panu. Kilka lat później, Lady Bianca Maria z Cremony, chciała zbudować prawie identyczny kościół obok swojego męża, połączony w jeden kościół. W kościele znajduje się wiele dzieł bardzo interesujących, takich jak „Cristo sotto il Torchio” (Chrystus pod prasą w kształcie krzyża) autorstwa Bergognone oraz piękna i tętniąca życiem seria barokowych fresków z życia S. Mikołaja z Tolentino, prawdopodobnie Ciro Ferri.
Dużym zainteresowaniem cieszy się biblioteka klasztoru przylegająca do kościoła, znajdująca się na pierwszym piętrze; ma trzy nawy, wsparte na smukłych kolumnach, z których niektóre są częścią oryginalnej dekoracji z imitacji marmuru.
Lokalizacja jest również szczególnie interesująca, ponieważ jest to jedna z niewielu malowanych bibliotek w Mediolanie. Zepsute obrazy odkryto pod warstwami wapna i gipsu, które ukrywały ich obecność. Renowacja tych obrazów została ukończona w 2000 roku.
Na sklepieniach nawy głównej widoczne jest promienne słońce, symbol Sant'Agostino, podczas gdy ojcowie kościoła są przedstawieni na lunetach. Ta część klasztoru była sławna, ponieważ była ważnym kręgiem kulturowym, tak bardzo, że intelektualiści i sławni mieszkańcy miasta ofiarowali całe zbiory książek i cennych kodeksów, które są obecnie przechowywane w Biblioteca Ambrosiana. W refektarzu namalowano także Ukrzyżowanie na ścianie, stworzone w pierwszej dekadzie XVI wieku, które następnie rozczłonkowano i umieszczono na zewnątrz kościoła.