Muzeum Archeologiczne mieści się w wyjątkowym środowisku architektonicznym, dawnym klasztorze Monastero Maggiore w San Maurizio założonym w VIII wieku naszej ery, gdzie wciąż można zobaczyć ślady historii starożytnego Mediolanu. W okresie cesarskim obszar zajmował budynek mieszkalny z I wieku ne wraz z rzymskimi murami i wielkim cyrkiem obok Pałacu Cesarskiego.
Kolekcje są wyświetlane w różnych pokojach w zależności od kultury pochodzenia. Na parterze, po pierwszym klasztorze (mediolańskim zdobieniu architektonicznym) znajduje się starożytny odcinek Mediolanu, natomiast na dole trasa prowadzi dalej do życia w Mediolanie. Na dole są także sekcje Cezarei Maritimy (Izrael) i Gandhara.
Trasa widokowa kontynuowana jest w klasztorze z tyłu („Milanese society through inscriptions”). Pod koniec drugiego klasztoru ścieżka prowadzi do wielobocznej wieży (koniec III wieku) z wczesnośredniowiecznymi freskami (XIII wiek) i wychodzi do nowego muzeum przy Via Nirone, gdzie wczesnośredniowieczna sekcja znajduje się na pierwszym piętrze.
Na drugim piętrze znajduje się sekcja etruska; przedmioty są ważnym dziedzictwem, cennym w rekonstrukcji wielu aspektów cywilizacji etruskiej.
Trzecie i ostatnie piętro to grecka sekcja. Wystawa poświęcona jest społeczeństwu greckiemu i życiu codziennemu naznaczonemu działalnością gospodarczą, od teatru i religii po refleksje na temat życia i śmierci.
Egipskie kolekcje prehistorii i wczesnej historii są prezentowane w Sale Visconti Castello Sforzesco.
Znaleziony w prowincji Novara wspaniały kubek Trivulzio diatreta (tytuł odnosi się do szlacheckiej rodziny mediolańskiej i kolekcji, w której był on częścią przez długi czas) jest jednym z najbardziej znanych przykładów vasa diatreta wdmuchiwanego do formy a następnie wytrawione na powierzchni, aby uzyskać dekorację otwartą. Jest uważany za jedno z najbardziej ekscytujących znalezisk archeologicznych późnego Cesarstwa Rzymskiego (III-IV wiek ne).