Muzeum Diecezjalne jest ważną instytucją dla tych, którzy chcą odkryć znaczną część historii Mediolanu. W rzeczywistości, aby stworzyć dokładny obraz miasta, należy spojrzeć na głęboko religijny element, który leży u podstaw struktury społecznej i kulturowej Mediolanu.
Muzeum prezentuje historię i sztukę w sekwencji wystawienniczej przebiegającej przez kolejne okresy i style, wyrażając jedną tożsamość historyczną i kościelną.
Na przykład część wystawy poświęcona jest św. Ambroży, patronowi miasta. Ta część zaczyna się od grupy prac z Bazyliki Sant'Ambrogio, serii obiektów związanych z historią kościoła i wielkiego świętego Mediolanu.
Kolekcja malowanych na złoto obrazów A. Crespi jest absolutnie wspaniała i stanowi wyjątkowe dziedzictwo wśród muzeów w Mediolanie, ważny przykład specjalistycznej pracy kolekcjonerskiej. Ten rodzaj kolekcji jest dobrym przykładem kolekcjonowania dzieł sztuki w Lombardii, z wysoce kulturalnym podejściem i poświęcając uwagę zarówno lokalnym artystom, jak i malarzom z innych miast. Kolekcja ta obejmuje około czterdziestu prac na panelu namalowanych w XIII i XIV wieku, głównie w Toskanii i Umbrii; są zatem istotne dla rozwoju włoskiego malarstwa.
Muzeum jest prowadzone przez Fundację Sant'Ambrogio, której przedstawicieli mianuje arcybiskup Mediolanu. Struktura ta jest częścią diecezji ambrozjańskiej i została utworzona w celu ochrony i promowania dziedzictwa artystycznego diecezji. Pierwszy pomysł na Muzeum datuje się na rok 1931, kiedy to bł. Ildefonso Schuster, arcybiskup Mediolanu, napisał list do duchowieństwa zatytułowany „Dla sztuki sakralnej i muzeum diecezjalnego”. Sugestia ta została podjęta dopiero w 1960 r., Kiedy kardynał Giovan Battista Montini, późniejszy papież Paweł VI, podpisał porozumienie między arcybiskupstwem a gminą Mediolan, w którym klasztory Sant'Eustorgio miały zostać odnowione dla nowego muzeum. Ale projekt rozpoczął się dopiero w latach 80., kiedy kardynał Carlo Maria Martini rozpoczął projekt rekonstrukcji i adaptacji krużganków dla muzeum. Projekt został zamówiony przez Lodovico Barbiano di Belgiojoso. Museo Diocesano zostało zainaugurowane 5 listopada 2001 r.
Cała kolekcja obejmuje około 600 prac, z których około 400 jest eksponowanych, podzielonych na sekcje.